Source code for pynetim.py.diffusion_model.susceptible_infected_model

import random

from .base_diffusion_model import BaseDiffusionModel
from .run_monte_carlo_diffusion import run_monte_carlo_diffusion
from ..graph import IMGraph
from ...utils import infection_threshold


[docs] class SusceptibleInfectedModel(BaseDiffusionModel): """ SI模型(Susceptible-Infected Model)。 实现了经典的SI传播模型,该模型是一种简单的传染病传播模型, 节点只有两种状态:易感(S)和感染(I)。一旦节点被感染,它将始终保持感染状态 并持续尝试感染其邻居节点。 参考文献: - Kermack, W. O., & McKendrick, A. G. (1927). "A contribution to the mathematical theory of epidemics." Proceedings of the Royal Society of London. Series A, 115(772), 700-721. DOI: 10.1098/rspa.1927.0118 URL: https://royalsocietypublishing.org/doi/10.1098/rspa.1927.0118 Attributes: infected_nodes (set): 所有已被感染的节点集合 graph (IMGraph): 表示传播网络结构(继承自BaseDiffusionModel) init_seeds (list): 初始感染节点集(继承自BaseDiffusionModel) record_states (bool): 指示是否记录传播过程中的状态变化(继承自BaseDiffusionModel) states (list): 当record_states为True时存储传播过程的状态历史(继承自BaseDiffusionModel) beta (float): 感染概率 """ def __init__(self, graph: IMGraph, init_seeds: list, beta: float = None, record_states: bool = False): """ 初始化SI模型。 Args: graph (IMGraph): 定义了节点和边的网络结构 init_seeds (list): 初始感染的节点集合 beta (float, optional): 感染概率,如果为None则使用基于图结构计算的感染阈值 record_states (bool): 控制是否记录每一步的状态,默认为False """ super(SusceptibleInfectedModel, self).__init__(graph, init_seeds, record_states) self.infected_nodes = set(init_seeds) if beta is None: self.beta = infection_threshold(self.graph.nx_graph) else: self.beta = beta
[docs] def update(self): """ 执行一次传播更新。 在当前轮次中,所有已感染的节点尝试感染它们的易感邻居节点。 成功感染的节点将在后续所有轮次中继续传播。 Returns: set: 本轮新感染的节点集合 """ # 执行一次传播过程 new_infected_nodes = set() # 遍历所有已感染的节点,而不是仅当前轮次新感染的节点 for node in self.infected_nodes: for neighbor in self.graph.neighbors(node): if neighbor not in self.infected_nodes: if self.beta > random.random(): new_infected_nodes.add(neighbor) self.infected_nodes.update(new_infected_nodes) # 记录每轮的状态 if self.record_states and new_infected_nodes: self.states.append(new_infected_nodes.copy()) return new_infected_nodes
[docs] def diffusion(self, update_counts): """ 执行完整的扩散过程。 进行指定轮次的传播更新,直到达到最大轮次或没有新的节点被感染。 Args: update_counts (int): 最大更新轮次数。 Returns: set: 最终所有被感染的节点集合 """ if update_counts is not None and update_counts <= 0: raise ValueError("update_counts must be a positive integer.") count = 0 while True: _ = self.update() count += 1 if (len(self.infected_nodes) == self.graph.number_of_nodes) or (update_counts and count >= update_counts): break return self.infected_nodes
[docs] def run_monte_carlo_diffusion(self, rounds: int, update_counts: int, multi_process: bool = False, processes: int = None, seed: int = None): """ 执行蒙特卡洛模拟扩散过程。 Args: rounds (int): 总模拟轮数 update_counts (int): 更新轮次数,适用于SI模型等需要限制传播轮次的模型 multi_process (bool): 是否启用多进程模式,默认为False processes (int, optional): 多进程模式下的进程数,为None时使用CPU核心数 seed (int, optional): 模拟时的随机种子 Returns: float: 所有模拟轮次的平均激活节点数 """ return run_monte_carlo_diffusion(self, rounds, update_counts, multi_process, processes, seed)
[docs] def reset(self, init_seeds=None): """ 重置模型状态。 将模型恢复到初始状态,如果启用状态记录则清空已记录的状态历史, 并重新设置初始感染节点状态。 Args: init_seeds (list, optional): 新的初始感染节点集合,若为None则使用原有种子集 """ if init_seeds is None: init_seeds = self.init_seeds self.init_seeds = init_seeds self.infected_nodes = set(init_seeds) if self.record_states: self.states = [set(self.init_seeds)]